宫城佳香（YoshikaMiyafuji）在一场摧毁了Neuroy巢穴的战斗中失去了魔力。在解散了501年代后，她回到了故乡Fuso，在那里她度过了久违的平静时光。宫富士与前坂本海军学校学生佐藤静香（ShizukaHattori）返回欧洲。另一方面，第501部队的成员散落各地，过着自己的生活。当时，宫藤和静香前往欧洲旅行之前，强大的神经元就出现了，宫藤陷入了有史以来最大的危机